Das Gotteshaus in Merzhausen war einst bedeutendes kirchliches Zenrum eines Territoriums, das unter dem Namen Stockheimer Herrschaft in die Geschichte eingegangen ist. In seiner Gestalt fassbar wird das Kirchspiel jedoch erst zu einem Zeitpunkt, als die Herrschaft längst schon in ein Ober-und ein Niedergericht geteilt bzw. in Auflösung begriffen war und die Kirche ihre Vorrangstellung eingebüßt hatte. Bei ihrer Ersterwähnung im Jahr 1453 gehörte zu der den Heilgen Peter und Paul geweihten „Ecclesia parochialis“ als Filiale die Katharinenkapelle in Altweilnau. Vermutlich hatte auch das 1458 letztmals erwähnte Wimbach nach Merzhausen gepfarrt. Des Weiteren werden als zum Kirchsprengel gehörig die jeweiligen Stockheimer Seiten von Laubach und Gemünden genannt, die sich im 18. Jahrhundert schließlich endgültig entfremdeten, nachdem deren Bewohner seit längerem schon den Kirchgang nach Grävenwiesbach bzw. Rod an der Weil genommen hatten. Mit der Übernahme mehrheitlicher Rechte am Stockheimer Niedergericht durch Nassau war zwischenzeitlich und bis 1669 auch die Kirchengemeinde Merzhausen geteilt und das Oberdorf der Laurentius-Kirche in Usingen zugewiesen worden. Als der Plan zum Kirchenneubau in Merzhausen 1765 Gestalt angenommen hatte, war der Mutterkirche letztlich noch das 1707 neu gegründete und 1763 als vollgültige Filiale aufgenommene Wilhelmsdorf verblieben.

1766 wurde die spätgotischen Kirche mit kreuzgewölbtem Chor abgebrochen und innerhalb eines Jahres durch den von Johann Jacob Bager in barocker Tradition entworfenen Neubau ersetzt. In halber Höhe an der Westseite eingefügt ist ein Buntsandstein mit einer auf die Lage des Grundsteins deutender Hand und der Inschrift: „Weist auf den Grundstein, gelegt den 1ten Juni 1766“. Die Bauausführung war vornehmlich durch Handwerker aus den umliegenden Dörfern bzw. Usingen erfolgt. Finanziert worden war das Gotteshaus mit einer Kollekte in Nassau.

Schlichter, ungegliederter und hell verputzter Saalbau mit Halbwalmdach und gestaffeltem Haubendachreiter, dessen Abschluss von Knauf, Stern und Wetterhahn (1986 erneuert, das Original im Gemeindehaus) gebildet wird. Zentral an der Westseite das Eingangsportal, nach Norden hin die bei Begräbnissen genutzte Tür. Die Langseiten jeweils dreiachsig in rechteckiger bzw. quadratischer Form durchfenstert. Der Kirchenraum dreiseitig umbaut mit auf Rundpfeilern stehenden Emporen. Maßgeblicher Blickfang ist der barocke Orgelprospekt. Initiiert durch den damaligen Jagdpächter Gustav Arrabin aus Homburg vor der Höhe wurde ab 1909 eine umfassende Instandsetzung der Kirche geplant und 1912 umgesetzt. Zu den Neuerungen zählten vornehmlich eine farbliche Ausmalung des Raumes, die Anbringung zweier Buntglasfenster, wie auch der Einbau von aus der Schlosskirche in Homburg vor der Höhe übernommenen Doppelfenstern und -türen.

Änderungen im Außenbereich ergaben sich zunächst mit der Aufhebung des alten Kirchhofes 1844, der von dem im Osten des Dorfes damals angelegten Friedhof abgelöst wurde (dort auch das in einer kleinen Anlage stehende Ehrenmal mit den Namen der in den beiden Weltkriegen Gefallenen). Anlässlich des Übergangs des benachbarten Alten Rathauses an die Kirchengemeinde 1964 erfolgte die Umgestaltung des gesamten Kirchenumfeldes (neue Freitreppe, Planierung des alten Kirchhofes, Aufstellung des 1658 in Frankfurt angekauften Taufbeckens).

Zur Ausstattung gehören des Weiteren:

Kanzel mit achtseitig architektonisch gegliedertem und in den Spiegeln intarsiertem Korb. Inschrift: „Anno 1767 ist diese Cantzel von dem Schreiner Meister Johann Christoph Richter in Usingen verfertigt worden. Zum Lob und Ehre Gottes, der evangelisch Lutherischen-Gemeinde in Mertzhausen. Gott segne und erhalte diese Gemeinde mit ihrer neuen Kirch“; 1778 Ankauf der Orgel mit Kohlhaas-Prospekt von 1730 aus der katholischen Kirche in Camberg. Dieses Instrument durch eine von 1799 datierende und 1878 aus der Schlosskirche in Homburg vor der Höhe angekaufte Orgel ersetzt (Einbau in den bestehenden Prospekt durch Firma Walcker, Ludwigsburg); in Aufstellung vor dem Orgelprospekt Holzfiguren des Spätrokoko: zwei Engel und König David; zwei buntverglaste Fenster mit Glasmalereien der Firma Rast & Co Darmstadt, gestiftet vom Verschönerungsverein („Luther und Zwingli“) und von Frau Arrabin, Homburg vor der Höhe (Weihnachtsfenster im Chor); Dreiergeläut von 1951, Firma Rincker, Sinn; „Verkündigungsfenster“ und „Gleichnisfenster“, 2006. Werke von Hans Gottfried von Stockhausen.