In erhöhter Position nördlich des Domes situierter Kirchenbau, entstanden unter Abt Eigil in den Jahren 819-822 als persönlicher Memorialbau, dann auch genutzt als Kapelle des ehemals hier befindlichen Mönchsfriedhofs des Benediktinerklosters Fulda. Baumeister war vermutlich der Mönch Rachulf. Die dem Erzengel Michael geweihte Kirche bestand zunächst nur als eingeschossiger Rundbau mit Kegeldach (ecclesia rotunda), östlichem Nischenanbau und Krypta. Das Gewölbe der Krypta ruhte auf einer einzigen Säule, die von Brun-Candidus, dem Biographen Eigils, um 840 als Sinnbild für Christus (= Fundament) interpretiert wurde. Im Hauptgeschoß umstanden acht Säulen das zentral angeordnete Grab Christi.
Bereits im 10.Jh. wurde diese Anlage mit Ausnahme der Krypta zerstört (vielleicht im Zuge der Ungarn-Einfälle), jedoch spätestens in der ersten Hälfte des 11.Jhs. in den alten Formen und unter Verwendung älterer Bausubstanz wiederaufgebaut. Unter Abt Ruthard (107596) erfolgte eine wesentliche Erweiterung, die Friedhofskapelle wurde zur Kirche des Nebenklosters bzw. der Propstei Michaelsberg. Man erhöhte die Rotunde um ein Geschoß, setzte nach Westen ein einschiffiges, wohl schon zweigeschossiges Langhaus mit monumentalem Westturm an und gliederte auch nach Norden und Süden kurze Arme an, so daß ein annähernd kreuzförmiger Grundriß entstand. Anzunehmendes Weihedatum dieses mit neuen Altären ausgestatteten Baues ist der 2.12.1092. Weitere Umbaumaßnahmen wurden 1315 (Erhöhung des Westturmes unter Beibehaltung der Schallarkaden) und 1618 (Einbau von Spitzbogenfenstern, erneute Erhöhung der Rotunde und Aufsetzen von Spitzhelmen) getroffen, eine weitreichende Barockisierung im Innern (Stuckgewölbe!) erfolgte 1715/16 unter dem Michaelsberger Propst Stephan von Cloth. Im Zuge dieser Maßnahme wurde das zentrale Grab Christi entfernt, an der Nordseite wurde die Rochuskapelle angefügt. Eine in den Jahren 1854/55 durchgeführte Restaurierung unter J.F. Lange beseitigte unter Beibehaltung der Rochuskapelle die barocken Einbauten zugunsten einer neuromanischen Ausgestaltung, die wiederum 1935-38 einer purifizierenden Restaurierung unter Joseph Schalkenbach zum Opfer fiel. 1945 wurde die Kirche hauptsächlich im Rotundenbereich durch Bomben beschädigt, die Wiederherstellungsarbeiten konnten 1948 abgeschlossen werden.
Der heute existierende Kirchenbau besteht im wesentlichen aus der romanischen Rotunde mit der karolingischen Krypta und dem spätgotischen Spitzhelm, dem westlichen Langhaus und dem vierseitigen, sich verjüngenden Turm mit aufgeschobenem Pyramidenhelm. Die Rotunde ist im unteren Bereich mit kleinen, rundbogigen Lichtöffnungen, oben mit großen Rundbogenfenstern versehen. An der Ostseite sitzt ein rechteckiger Apsidenanbau mit Satteldach, an der Südseite ein ebenfalls mit Satteldach versehener Flügel mit schmuckloser Türöffnung im Erdgeschoß, einer alten Sonnenuhr und einer Totenleuchte von 1139. Im westlichen Winkel zwischen Südflügel und Rotunde befindet sich ein runder Treppenturm mit flachem Kegeldach.
Die Krypta der Rotunde ist ein kreisförmiger Raum mit einem Tonnengewölbe, das von einer gedrungenen Mittelsäule mit schlichtem, ionisierendem Kapitell getragen wird. Wie jüngere Forschungen ergaben, handelt es sich hier vermutlich um eine Spolie aus dem alten Benediktinerkloster, und zwar aus einer noch unter Abt Sturmius erfolgten baulichen Erneuerung des Jahres 765. Um diesen zentralen Raum legt sich ein Umgang, der durch Rundbogenöffnungen zugänglich ist und nachträglich durch Zwischenwände unterteilt wurde. Die dadurch entstandenen Kammern dienten als Beinhaus bzw. als Zellen für Reklusen. In der östlichen Kammer, hinter der Altarmensa des zentralen Raumes, befinden sich heute die leeren Sarkophage des Abtes Eigil und des Mönches Amnichad. Eine Grabplatte von 938 ist an der Wand des Hauptraumes befestigt.
Der sich über der Krypta erhebende zylindrische Rotundenbau ruht auf acht Säulen, deren unterschiedlich gearbeitete Kapitelle (Knauf- und Kompositkapitelle sowie korinthisierende Kapitelle) teilweise zweitverwendet sind, teilweise wohl aus der Wiederaufbauphase in der 1. Hälfte des 11.Jhs. stammen. In Arkaden öffnet sich der zentrale, ehemals das Grab Christi enthaltende Raum zu einem Umgang mit flacher Holzbalkendecke. Ein weiterer Umgang liegt darüber, zum Rotundenzylinder öffnet er sich in vier Doppelbögen mit Säulchen. Die Belichtung der Rotunde erfolgt hauptsächlich durch die oberen acht Rundbogenfenster, unter ihnen sitzen die alten Fenster, die heute vermauert sind. Nach Osten gliedern sich zwei übereinanderliegende Apsiden an, die sich mit auf Säulchen ruhenden Bögen zu den beiden Umgängen öffnen. An den Apsiden- und Rotundenwänden haben sich noch größere Reste einer sowohl ornamentalen wie auch figürlichen Freskomalerei (11.Jh.?) erhalten (u.a. Christus und der Erzengel Michael mit Auferstehenden sowie Maiestas Domini und Evangelistensymbole).
Eine Rundbogenöffnung an der Nordseite des unteren Umgangs ermöglicht den Zugang zu der in der Barockzeit angefügten Rochuskapelle, die völlig in das anschließende, barocke Propsteigebäude integriert ist. Der zweiachsige, kreuzgratgewölbte Raum enthält u.a. einen holzgeschnitzten Altar mit einer nachträglich in den Aufsatz eingestellten Pietà von Andreas Balthasar Weber aus der Zeit um 1720 und den seitlichen Figuren der Heiligen Sebastian und Rochus (um 1716) sowie eine barocke Steinfigur des hl. Josef mit Kind.
Das dreiachsige Langhaus der Michaelskirche ist seit der Renovierung der dreißiger Jahre wieder zweigeschossig, die Belichtung erfolgt über kleine Rundbogenfenster. Das Erdgeschoß zeigt eine neue Holzbalkendecke auf Steinkonsolen, das Obergeschoß ist mit einer Holztonnendecke versehen. Zur Rotunde öffnet sich das Langhaus im Erdgeschoß mit einem großen Bogen, im Obergeschoß mit drei kleinen Bögen über schlichten Pfeilern. Reste mittelalterlicher Freskomalerei sind auch hier noch erhalten.
Der wehrhafte Turm an der Westseite ist am Äußeren durch drei Gesimse der sich verjüngenden Geschosse gegliedert, die Belichtung erfolgt über schmale Lichtschlitze. Im oberen Geschoß sitzen dreiteilige Schallarkaden mit jeweils zwei romanischen Säulchen. Das schlichte Portal ist über eine Treppenanlage an der Westseite zu erreichen, das Untergeschoß ist im Innern mit einem Kreuzgratgewölbe versehen. Unter den drei Glocken im Turm befindet sich eine ältere, die 1712 in Danzig gegossen wurde.
Die Michaelskirche weist im Inneren und am Äußeren noch eine größere Zahl von Grabmälern auf: An den Ecken des Turmes sind mehrere Grabplatten des 9. und 10.Jhs. eingelassen, ebenso sind am Langschiff Grabsteine des 16. und 17. Jhs. vermauert. Fünf aufwendiger gestaltete Grabmäler des 18.Jhs. befinden sich noch in der barocken Rochuskapelle, drei von ihnen wurden für Pröpste des Michaelsberges geschaffen. An der Südwand der Kapelle befindet sich außerdem eine Sandsteinplatte (14.Jh.?), in der die Passion Christi anhand sämtlicher Leidenswerkzeuge in Ritztechnik dargestellt ist.
Zur weiteren Ausstattung der Michaelskirche gehören noch mehrere Holzskulpturen des 15.Jhs., so eine Kreuzigungsgruppe sowie sechs Heiligenfiguren und vier Heiligenflachreliefs im Langhaus und im südlichen Rotundenanbau. Die an die Rochuskapelle angrenzende Sakristei - ein Raum mit Tonnengewölbe und kleinen Stichkappen - beherbergt noch drei anspruchslose Ölgemälde aus dem frühen 18.Jh.
Die Michaelskirche in Fulda zählt mit ihrer noch aus karolingischer Zeit stammenden Krypta zu den bedeutendsten mittelalterlichen Sakralbauten Deutschlands. Ihr Ursprungsbau soll der älteren Forschung zufolge eine frühe Nachbildung der Anastasis-Rotunde der Grabeskirche in Jerusalem gewesen sein, eine Meinung, der in jüngster Zeit entschieden widersprochen wurde. Kunstwissenschaftlich relevant sind u. a. auch die als Spolien in der Rotunde verbauten Kapitelle, deren Herkunft zwar nicht eindeutig geklärt ist, die aber wertvolle Informationen über die stilistische Entwicklung frühmittelalterlicher Bauplastik enthalten und uns zumindest einen kleinen Eindruck vom ursprünglichen Aussehen der Fuldaer Gründungsbauten geben. Sehr bedeutend ist auch die mittelalterliche Wandmalerei. An der Erhaltung der den nördlichen Stiftsbereich beherrschenden Michaelskirche besteht deshalb ein besonderes öffentliches Interesse.
