Ob Nennungen 750 und 779 Gemünden an der Wohra bezeichnen ist strittig. Die Kirche soll zum Fronhof, dem Haupthof als Urkern der Siedlung, gehört haben. Die erste sichere Nennung erfolgte 1223 als Pfarrer Heinrich in Gemünden einen Güterverkauf an das Kloster Haina bestätigte. 1253 ist Gemünden erstmals als Stadt bezeichnet. 1380 gab es angeblich lediglich eine Holzkirche, vermutlich ein Fachwerkbau; Gottfried Graf von Ziegenhain und seine Frau stifteten den Frühmessaltar SS. Maria und Katharina darin. Baubeginn der im Kern erhaltenen Kirche war 1431, 1485 konnte der Glockenturm fertig gestellt werden. Die Kirche hatte drei Altäre: St. Katharina (Stiftung 1402 durch Arnold Clüver, 1528 eingezogen), Heilig-Kreuz (der „vorderste" Altar, offenbar im Langhaus vor dem Chor) und St. Petrus (der „hinterste" Altar im Chor). Die beiden letzteren wurden erst 1803 entfernt, wobei der vorderste Altar den Lutheranern, der hinterste den Reformierten zustand. Im Chor befand sich ein Wandgemälde vom Jüngsten Gericht, das 1720 noch einmal überarbeitet wurde. Eine möglicherweise noch mittelalterliche Steinkanzel wurde später durch eine größere und höhere Holzkanzel ersetzt. Bereits 1797 aufgetretene Risse in den Gewölben und ein schadhafter Dachstuhl machten 1802 Umbauten notwendig, bei denen der mit einem Steingewölbe versehene Chor einstürzte. Er wurde daraufhin vollständig abgebrochen und die Kirche bis 1806 nach Plänen von Michael Krapf und unter der Leitung eines Baumeisters Ahrend zu einem klassizistischen Saalbau umgebaut. Von 1803 bis 1805 baute Johann Georg Oestreich aus Oberbimbach eine neue Orgel, die 1845 durch die erhaltene aus dem Kloster Haina ersetzt wurde. Sie stammt aus der Zeit zwischen 1760 und 1780, erhielt 1880 zwei neue Register und wurde 1952 restauriert. 1886 wurde der Innenraum umgestaltet und 1952/53 in den klassizistischen Zustand zurückgebaut. Beschädigung des Turm durch Blitzschlag 1904. Ausgrabungen und eine Neugestaltung des Innenraums erfolgten 2007.
Die Kirche liegt im nordwestlichen Teil der Altstadt etwas erhöht über der Stadtbebauung auf einem vor allem nach Süden und Osten sich erstreckenden Kirchhof, der 1834 neu ummauert wurde. Unmittelbar südlich der Kirche lag die Burg der Grafen von Ziegenhain.
Im Nordwesten des heutigen Baus ist Mauerwerk der ergrabenen, vermutlich aus dem 11. Jahrhundert stammenden salischen Kirche erhalten, ebenso der spätmittelalterlichen, 1431 begonnenen. Das heutige Langhaus von 1803/05 ist im Grundriss ein schlichtes Längsrechteck mit etwas breiterem Sockel ohne Strebepfeiler, die Gebäudeecken nach Osten wurden nach Abbruch des Chores aus sorgsam behauenen Quadern erneuert. Nach Westen überstehende Quader an der Nordwestecke sowie ein dort fehlendes Gesims weisen möglicherweise auf einen heute fehlenden Anbau an der Turmnordseite. Hohe Spitzbogenfenster ohne Innenteilung in der Südwand, in der Nordwand unregelmäßiger verteilt, in der Ostwand vermutlich ergänzt. Schlichte, kleine Spitzbogenportale nach Süden und nach Norden (vermauert), am Südportal und am Turm finden sich Riefen im Sandstein (vgl. Rosenthal); über dem Südportal ein vermauertes kleines Rechteckfenster. Der Turmschaft wird von einem hohen Glockengeschoss abgeschlossen, dessen Schallfenster mit doppelbahnigem Maßwerk versehen sind. Das Westportal ist mit flach in den Sandstein geritztem Wappen und Emblemen geschmückt. An der Turmsüdseite unterhalb des Kranzgesimses befinden sich zwei Wappenschilde, ein sechsstrahliger Stern als Wappen des Stadtgründergeschlechts, der Grafen von Ziegenhain, und ein achtstrahliges Sternwappen der Gräfin Eilca von Nidda. Über den Wappenschilden der Löwe als Symbol der hessischen Landgrafen, darunter aus vier Quadern gesetzt die Inschrift: „Anno domini MCCCC LXXXV". Der schlanke und hohe, ins Achteck überführte Turmhelm ist mit Schiefer gedeckt.
Im Innenraum deuten sechs schlichte polygonale Sandsteinkonsolen auf eine ursprünglich vorhandene Wölbung, angeblich als Hallenkirche. Der tiefe Ansatz könnte auch auf einen im Raumbild gedrückten Saal weisen, wahrscheinlich mit hoch in den Dachraum ragenden Holzgewölben; der alte Dachfirst war höher als der heutige ist. Vom mittelalterlichen Bau sichtbar ist im übrigen nur die kleine Turmtür in der Westwand. Die Turmhalle deckt ein gotisches Kreuzrippengewölbe mit einem Rosenschlussstein auf Spitzkonsolen. Im Schiff eine einfache Flachdecke mit breiter Voute.
Die Marienglocke stammt wohl aus dem späten 14., die Christusglocke mit reliefiertem Kruzifix und zwei Bischofsdarstellungen aus dem frühen 15. Jahrhundert, die kleine Johannesglocke mit Spruch aus dem Johannesevangelium zeigt eine Datierung auf 1483; originaler Glockenstuhl. Vermutlich noch mittelalterliche Altarplatte. Großes, möglicherweise aus der alten Kirche übernommenes und überarbeitetes Kruzifix auf schlichtem Kreuzbrett an der Ostempore vor der Orgel. Bis 2007 war der Innenraum durch die klassizistische Ausstattung nach Süden ausgerichtet. Im Mittelpunkt steht ein rechteckiger, fast raumhoher Turm hinter dem Altartisch, der in die südliche Empore integriert ist, im Erdgeschoss die Sakristei (mit Fenstern zum Altar) aufnimmt und an dem darüber die Kanzel angebracht ist; er ist mit einem Gesims nahe der Decke abgeschlossen. Unregelmäßig fünfseitiger Kanzelkorb mit geschlossenen Füllungen, der nach unten in einer Fruchtdolde ausläuft; der Baldachin mit feinem Girlandenwerk wiederholt in der Form das untere Kanzelsegment. Der Raum ist seit 2007 nach Osten orientiert, dabei wurde ein großer Teil der umlaufenden Emporen auf schlanken Pfeilern und mit geschlossenen Brüstungsfüllungen abgebaut, Reste sind an der Süd- und der Nordwand erhalten. Das Orgelwerk in prachtvollem, symmetrisch flachem Orgelprospekt von 13 Achsen mit geschnitzten und vergoldeten Seitenteilen, Schleierbrettern und Aufsätzen im Stil des Rokoko, letztere ergänzt um zwei geschnitzte klassizistische Vasen; historischer Spieltisch. Der eigentümlich gedrungene, polygonale Taufstein steht auf breit ausladendem Fuß und ist mit einem Haubendeckel versehen.
