Bereits 1266 findet dieser Adelshof in einer Urkunde Ludwig und Dietrichs von Linsingen eine erste Erwähnung, als die beiden ihre beim Stadtgraben von Gemünden gelegenen Güter mit Ausnahme des Kirchleins und eines Hofes mit Mühle nebst zwei Häusern an den Grafen Gottfried V. von Ziegenhain verkaufen. Der Hof war von allen Lasten und Abgaben befreit. Im Jahr 1341 verkaufte Ludwig von Linsingen den Hof an seinen Bruder Thile, der seit 1357 Pfarrer in Gemünden war. Seine Nachkommen übergaben am 11. März 1359 den Hof für 900 Schilling an den Grafen Gottfried VII. von Ziegenhain. 1446 belehnte Graf Johann II. von Ziegenhain Johan Clauer mit dem Burgsitz zu Gemünden „wie seine Eltern selig gehabt“. Hieraus geht hervor, dass die Familie Clauer seit mindestens einer Generation Burgmannen des Junkernhofes sein mussten. Die Clauer hatten mehrere Burgsitze inne und waren reich mit Ländereien belehnt. Carl Clauer war Obervorsteher der vier hohen Hospitale Hessens. Er ließ sein Wappen mitsamt dem seiner Frau 1602 bei der Erbauung des Junkernhofes, dessen Unterbau bis heute erhalten ist, über dem Portal anbringen. Bereits 1649 erschien jedoch Jakob von Hoff, Hofmarschall von Kassel und Obrist zu Ziegenhain, als Besitzer des Hofes. Nach dem Aussterben der männlichen Linie der Hoffs ging der Junkernhof als Heiratsgut an Katharina von Hoff und ihren Ehemann Carl von Haddenbach über, der das Lehen nach seinem Tod 1734 in der Haddenbachschen Familie weitergab. Mit dem Tod Johan Moritz von Haddenbachs gelangte der Besitz über die beiden Schwestern an die Schwerzel. Diese verkauften den Hof samt Grundbesitz 1877 an Gemündener Bürger. Gastwirt Hermann Matthäi und seine Frau eröffneten im Junkernhof eine Gastwirtschaft und Brauerei.Vom giebelständigen, über einem tonnengewölbten Keller errichteten Wohngebäude des Junkernhofes hat sich ein verputzter, zweigeschossiger Unterbau aus Stein von 1602 sowie ein komplett verkleidetes, jüngeres Fachwerkobergeschoss erhalten. Nach historischen Beschreibungen soll das Quergebälk mit Zahnschnitt und Seilornamenten versehen sein. Der ursprüngliche hofseitige Zugang erfolgte durch ein Renaissanceportal, dessen Architrav von ionischen Pilastern getragen wird, über dem das Allianzwappen Carolus Clauers und Helena Schenk zu Schweinsbergs eingelassen ist. Der rundbogige Durchgang ist heute vermauert. Ebenfalls aus der Renaissance erhalten sind Zwillingsfenster mit profilierten Rahmen.