Anlässlich der 1100. Wiederkehr ihres Weihetags erkannte Pfr. Hermann Knodt (Knott) in der auf das Jahr 812 zurückgehenden Schlitzer Kirche "eines der ältesten und wertvollsten Baudenkmäler Oberhessens" und beschäftigte sich als einer der ersten mit ihrer verwickelten Baugeschichte. Genauere Klärung brachten aber erst Untersuchungen, die Peter Weyrauch während der Renovierung 1964 bis 1966 anstellte. Von einer kurzen und breiten dreischiffigen Basilika, die 812 geweiht wurde, stammt im Kern der westliche Abschnitt des bestehenden Gotteshauses. Die Basilika erhielt möglicherweise bald nach 900 anstelle einer zu vermutenden Apsis einen Chorturm in Mittelschiffsbreite über quadratischem Grundriss. Dessen Unterbau blieb – später sukzessiv auf allen Seiten durch Bogen geöffnet – in der Mitte des heutigen Kirchenraums erhalten. Östlich an den Turm anschließend folgte im späten 11. und im 12. Jahrhundert eine querrechteckige Erweiterung, an die in der Mitte des 13. Jahrhunderts ein über Ecksäulen mit Zungenblattkapitellen rippengewölbtes Chorquadrat mit halbrunder Apsis und nördlicher Heiligkreuzkapelle angebaut wurde. Die Kapelle hat ein Gratgewölbe und im Osten eine Apsidiole, einen kleinen apsisförmigen Erker. Im ausgehenden 13. Jahrhundert erhielt die Kirche ihr prächtiges Westportal, außerdem wurde zu beiden Seiten des früheren Chorturms der Anschluss der Basilika an den östlichen Abschnitt der Kirche geschaffen und es erfolgte der Anbau der Barbarakapelle südlich des Chors. Sie hat ein Kreuzgratgewölbe und nach Osten eine Altarnische mit kleinem, prächtigem Maßwerkfenster, das mit seinen "hochentwickelten gotischen Details" (Schmitt) Verbindungen nach Marburg und Haina zulässt und wegen seines Sichtbezugs zum Marktplatz eine besondere stadtbaugeschichtliche Qualität hat. Der frühere Chorturm, jetzt in der Mitte der gesamten Anlage stehend, war im 12. Jahrhundert durch ein Oktogon erhöht worden. Dieses wurde gegen 1480 mit spätgotischen Fenstern versehen, 1604 entstand ein weiteres Geschoss aus Holz und darüber der spitze Turmhelm, beide sind verschiefert. Im 16. Jahrhundert wurde die südliche Portalvorhalle ergänzt (1505, der Giebel 1557), es folgten die Zusammenfassung des Kirchenraums durch eine teilweise Erhöhung der Außenmauern sowie der Anbau der beiden runden Treppentürme an den Längsseiten, die zu nun eingebauten oder bereits vorhandenen Emporen führten. Der nördliche entstand 1595 für Wilhelm Balthasar von Schlitz gen. von Görtz, der südliche 1598 für Dietrich von Schachten. Beide Türme haben geschweifte Hauben über feinen Kranzgesimsen. 1639 erhielt der östliche Teil des Kirchenraums seine aufwendige Stuckdecke, innerhalb deren geometrischer Struktur ein Doppeladler, das Schlitzer Wappen und ein Pelikan erscheinen. Das das Langhaus deckende Dach in seiner bestehenden Form wurde 1766 aufgesetzt; dabei musste der mittelalterliche Westgiebel einem Walm weichen. Bemerkenswert sind die offenbar deutlich älteren geschnitzten Füllhölzer zwischen den Köpfen der Dachbalken. Im Inneren der Kirche hat man gleichzeitig mit der Dacherneuerung die Arkaden der alten Basilika entfernt. 1807 wurden in den Westteil maßwerklose Spitzbogenfenster eingebaut. Deutlich aufwendiger ist das große dreibahnige Maßwerkfenster, das 1871 in die Südwand des Chorquadrums eingefügt wurde. Es hat wie auch weitere Fenster im Chor-bereich eine farbige Verglasung des späten 19. Jahrhunderts behalten. Von den Restaurierungen ist die der Jahre 1880–1882 erwähnenswert, weil unter H. von Ritgen durch W. Rosenthal eine historisierende Ausmalung des Innenraums erfolgte, die freilich nach acht Jahrzehnten fast insgesamt wieder entfernt wurde und sich nur noch in der Laibung des kleinen Chorsüdportals in Erinnerung bringt. Erhalten blieb aus dem späten 19. Jahrhundert auch der romanisierende Altar. Von ihm abgesehen wurde fast die gesamte ältere Einrichtung (Emporen, Kanzel) in den 1960er Jahren herausgenommen und im Westraum, nicht zuletzt aus statischen Gründen, eine leichte Stahlbetonempore eingebaut. Die Kanzel gelangte nach Hutzdorf. Zur erhaltenen Ausstattung gehören das Bruchstück eines spätgotischen Kruzifixes und der Taufstein aus 1467, der zu den frühesten und besten seiner in der Region verbreiteten Art gehört. Außerdem sind mehrere Grabplatten, Epitaphien und Grabsteine aus dem 15. bis 19. Jahrhundert erhalten, darunter einige von regional- und stadtgeschichtlicher Bedeutung. Insbesondere die im Chor und der Barbarakapelle befindlichen großen Gedenktafeln sind auch künstlerisch bemerkenswert, darunter die Arbeit von Andreas Herber für Georg von Schachten (†1582) und seine Gemahlin Sidonie Riedesel zu Eisenbach und das Epitaph für Hans von Schlitz (†1585) und Margarethe von Dörnberg im Chorscheitel. Knorpelwerk rahmt das sonst noch Renaissanceformen bewahrende Epitaph des Johann Volprecht von Schlitz und seiner Frau Anna Riedesel zu Eisenbach in der Barbarakapelle. Es entstand um 1680 und zeigt die Verstorbenen mit ihren Kindern als Ganzfiguren gemalt. Das historisierende Tympanon über dem Westeingang mit der Darstellung des thronenden Christus zwischen anbetenden Engeln schuf Graf Emil von Schlitz gen. von Görtz anlässlich des Kirchenjubiläums 1912. Die ursprünglich der hl. Margarethe geweihte Kirche auf dem höchsten Punkt des Stadtbergs von Schlitz enthält tatsächlich Bauteile aus zwölf Jahrhunderten, die unterschiedlichste gestalterische, künstlerische, politische und nicht zuletzt religiöse Vorstellungen vermitteln. Gleichzeitig wird die andauernde Mühe deutlich, ältere Bauteile aus Sparsamkeit oder auch aus Pietät zu bewahren und nach den gegebenen Möglichkeiten zu nutzen. Die Stadtkirche ist ein bedeutendes religions-, stadt-, bau- und kunstgeschicht-liches Dokument und bildet mit ihrem steilen nachgotischen Turm ein wichtiges und zentrales Element in der großartigen Stadtkrone von Schlitz.