Der Konvent gehörte zur Kustodie Trier innerhalb der Kölnischen Franziskanerprovinz. Ein erstes Auftreten der Ordensbrüder Heinrich und Otto als Zeugen 1260 in einer Urkunde (Goerz 3 Nr. 1649) weist nicht zwingend auf eine Niederlassung hin; es bestanden damals Verbindungen zum Kloster in Koblenz. 1262 stifteten der Wetzlarer Bürger Eckehard und seine Ehefrau Adelheid den "fratribus Minoribus in Wetflaria" eine Geldsumme zur Verbesserung ihrer Kleidung; die Formulierungen legen nahe, dass das Bleiben der Brüder in der Stadt nicht gesichert war (Goerz 3 Nr. 1771). 1269 ist Guardian Philipp Zeuge einer Urkunde (Goerz 3 Nr. 2410); damit ist die Existenz eines Konvent in Wetzlar für dieses Jahr gesichert. 1278 wird das "claustrum Minorum fratrum" als Versammlungsort für eine Beurkundung genannt. 1284 wird den Minderbrüdern zum Bau ihres "domus Wetflariensis" ein Steinbruch zur Nutzung eingeräumt (Goerz 4 Nr. 1193), 1290 konnte ein Streit zu "Wecflar in der Minderbruder hus" beigelegt werden (Goerz 4 Nr. 1767). Nach Angabe des Wetzlarer Stadtschreibers Chelius von 1664 wurde das Kloster auf eigenem Grund und Boden [dem der Stadt] errichtet. 1303 wurde ein Heiligkreuzaltar im Minoritenkloster genannt; ferner unterhielten die meisten Zünfte einen Altar in der Kirche, den wohl bedeutendsten die Wollweber. 1350 und 1352 wurde wegen der Erneuerung des Kirchendaches, das ‚einst'' durch einen Brand (Stadtbrand 1334 ?) verwüstet wurde, Geld beim Marienstift aufgenommen. Die Schenkung von zwei Büchern als Kettenexemplare 1381 lassen auf eine vorhandene Bibliothek schließen. Von 1387 bis nach 1411 befand sich das Kloster in finanziellen und politischen Schwierigkeiten; die Stadt setzte Vormünder ein; Prokuratoren werden seit 1307 genannt. 1525 erfolgte die Inventarisierung des Kirchen- und Klosterschatzes, nachdem in der Stadt ein reformatorischer "Aufruhr" für Verunsicherung gesorgt hatte. 1542 lebte nur mehr der Guardian Paulus Michelhen mit acht Brüdern im Kloster. 1555 übergab der letzte Guardian das mangels Bauunterhalt sehr verfallene Kloster mit allen Dokumenten der seit 1544 evangelischen Stadt. Das Kloster wurde Lateinschule mit Wohnungen für Lehrer und evangelische Geistliche, die Kirche lutherische Stadtkirche. Die 1586 von der Stadt aufgenommenen 60 wallonischen reformierten Flüchtlinge erhielten den Chor als Kirche, durften aber (wohl weil man es über den Lettner hinweg hören konnte) nur in eigener Sprache Gottesdienst halten. 1626 bis 1631 und 1634 bis 1649 waren erneut Franziskaner im Kloster, seit 1650 diente die Kirche als lutherische Stadtkirche, 1667 wurde der Chor wieder reformiert. Nachdem die Franziskaner nochmals zurückgekehrt und das Kirchenschiff sowie West- und Südflügel des Klosters besetzt hatten (1683 vier Priester und vier Laienbrüder), zogen die Reformierten 1675 die Scheidewand zwischen Chor und Kirche ein. Die Franziskaner führten 1720 bis 1724 umfassende Umbauten und Modernisierungen von Kirchenschiff und Kloster durch, die Kirche wurde ansehnlich vergrößert; 1724 benediziert, aber erst 1737 konsekriert (St. Anna). Das Kloster ging ohne Aufhebung ein; waren bis 1810 noch etwa 15 Brüder im Konvent, war es 1826 nur noch einer. Während der Chor bis heute Kirche blieb (ab 1833 uniert), wurde das Langhaus 1820 Proviant- und Salzmagazin, Aktenarchiv und schließlich Kaserne für die 8. Rheinischen Jäger. 1877 richtete die Stadt eine evangelische Volksschule ein, die 1925 wegen Baufälligkeit verlegt wurde. 1925 bis 1939 erfolgten umfangreiche Umbauten und Instandsetzungen durch den Architekten Jean Schmidt; danach zogen Dienststellen der NSDAP ein. Seit 1945 diente das ehemalige Kirchenlanghaus zunächst als Truppengefängnis der Amerikaner, schließlich als Gewerbliche und Kaufmännische Berufsschule. 1967 zog die Musikschule in die Räumlichkeiten, die 1989 innen durchgreifend renoviert wurden. Eine Innenrenovierung des Chores bzw. der Unteren Stadtkirche erfolgte 1983. Der Chor der ehemaligen Franziskanerkirche ist als Untere Stadtkirche weitgehend in den Bauformen des 13. Jahrhunderts erhalten, das Langhaus wurde mehrfach umgebaut und ist Musikschule. Der Gesamtbau war spätestens seit 1737 eine dreischiffige Hallenkirche von fünf Jochen Länge mit dreijochigem Chor und 5/8-Polygon. Das Westjoch des Chores war nach Norden um ein Seitenschiffjoch erweitert und als Hallenjoch ausgebaut; ein Pendant nach Süden war vermutlich nicht vorhanden. Dreizonige Strebepfeiler gliedern den geputzten und weiß gekalkten Bruchsteinbau außen; flachbogige Nischen im Innenraum bedingen eine Verbreiterung der Sockelzone außen (auch an der Langhausnordwand). Die zweibahnigen Maßwerkfenster des Chores enden in liegenden Dreipässen. Das Zugangsportal des Hallenjoches mit Korbbogen zeigt die Jahreszahl "1720"; der Sturz mit vegetabilen Ornamenten trägt einen nur angedeuteten Sprenggiebel mit großer Muschel auf einer vorkragenden Konsole. Ein zierlicher, gedoppelter Dachreiter aus der Barockzeit befindet sich über dem Mitteljoch des Chores. Das Chorinnere schließt ein leichtes Kreuzrippengewölbe ab, das auf im Polygon einfachen, in den Jochen dreifachen Profilkonsolen ruht. Der Schlussstein des Hallenjochs zeigt eine Löwin mit Jungen (Christussymbol), auch als Löwe interpretiert, der ein Lamm mit Jungen geschlagen hat. Die 1925/30 entdeckten mittelalterlichen Ausmalungen umfassen eine Kreuzigungsgruppe an der Nordwand, die auf ein Schwert gestützte Gestalt eines Ritters mit wehendem Mantel (oder Maria mit Kind?) am östlichen Vierungspfeiler des Hallenjoches sowie Weihekreuze. im gleichen Zeitraum wurde das Chorpolygon unterkellert und eine neue Tür zum Ludwig-Erk-Platz angelegt. Das Äußere des 1720 bis 1724 stark veränderten Langhauses bestimmen die Umbauten von 1876/77. Vom Kernbau des 13. Jahrhunderts erhalten sind die Umfassungsmauern der Nord- und der Westseite mit den zweizonigen Strebepfeilern, die an der Westseite trotz des Treppenhauseinbaus die dreischiffige Struktur der früheren Kirche erkennen lassen. Das Hauptportal des 18. Jahrhunderts blieb im Westjoch der Nordwand erhalten: Ein breiter Aedikulaaufbau mit vorgezogenen Pilastern trägt die Segmente eines gesprengten Giebels, der in einem von vegetabilem Blattwerk und Kuttenstrick eingefassten Tondo ein Kreuz mit zwei sich kreuzenden Armen mit den Wundmalen Christi zeigt (Emblem der Franziskaner); das gedrückte Profilportal zeigt in den Zwickeln Dreiblätter. Die 1723 barockisierten gotischen Fenster wurden 1820 durch Doppelfenster für die beiden Obergeschosse ersetzt und weitere in der Sockelzone eingebaut (nach dem Einbau von Fahrzeugtoren wiederum erneuert); die Fenster der Westwand sind einfach. 1876/77 wurde das Dachwerk von 1723 durch ein weiteres Geschoss umgebaut oder ersetzt, dabei wurde der Dachreiter des Kirchenschiffs entfernt. Im Inneren wurden schon 1820 Zwischendecken eingezogen (1989 erneuert) und 1876 die Gewölbe des Hauptschiffs ausgebrochen; die vermutlich barockzeitlichen der Seitenschiffe sind erhalten. Erkennbar sind die eng gestellten kreuzförmigen Pfeiler mit Aufhöhung, die in dieser Form ebenfalls dem Umbau 1720/37 zuzurechnen sind; die halbrunden Basen dagegen (Nordwestpfeiler im Eingangsbereich) könnten noch zum mittelalterlichen Bestand gehören. Die stuckierte Kapitellzone, heute im 2. Obergeschoss sichtbar, besteht im Kern aus Backstein und gehört der barockzeitlichen Umbauphase an. Schenkluhn datiert die Kirche in die Zeit vor 1270 als eine Hallenkirche, die den Minoritenkirchen in Oberwesel und Wittenberg im Typus folgte. Die Rippenquerschnitte und Konsolenprofile machen aber eine Wölbung des Chores um 1300 wahrscheinlich, während die Fenstermaßwerke in die Zeit um 1270 passen. Es ist nicht auszuschließen, dass das Langhaus nur zweischiffig-asymmetrisch war und 1720/37 der nördliche, an die Kirche stoßende Kreuzgangflügel zum Seitenschiff umgebaut wurde, eine Entwicklung, wie sie auch an der Minoritenkirche in Münster beobachtet werden kann. Nicht allein das Fehlen eines nordöstlichen, chorbegleitenden Seitenschiffsjoches als Pendant zum vorhandenen südlichen deutet darauf hin, sondern auch die Kerne der südlichen Pfeiler aus neuzeitlichen Backsteinen. Die Teilung der Kirche 1675 orientierte sich vermutlich am Lettner, der den Chor der Brüder vom Gemeinderaum trennte. Ein im Eingangsbereich des nördlichen Hallenjochs gefundener und 1904 noch vorhandener Grabstein des 14. Jahrhunderts befindet sich nicht mehr im Kirchenraum. Weitere mittelalterliche und barockzeitliche Ausstattung fehlt ebenfalls: 1626 wurde das Ratsgestühl aus der Stiftskirche als Chorgestühl aufgestellt; noch im 18. Jahrhundert soll die reformierte Kirche mit Stühlen ziemlich "aptirt und bei dem Eingang mit einem Lettner versehen" gewesen sein. Mit den Umbauten bis 1737 entstand aus Stiftungen eine neue Innenausstattung mit Hoch-, Marien- und Antoniusaltar, ein Gemälde mit der Geburt Christi, acht Statuen sowie eine Orgel von 30 Registern, die nach Trier gekommen sein soll. Aus der Zeit zwischen 1709 und 1781 sind im Chor acht Grabsteine von Personen reformierten Glaubens aus dem Kammergerichtskreis sowie der des Bildhauers Wollenschläger als jüngstem aufgestellt. 1821 entstand eine neue Ausstattung im Stil eines noch barock geprägten Klassizismus. Im Polygon teilte man damals eine Sakristei ab, in deren Vorderwand ein Kanzelaltar eingebaut wurde. Von dieser durch die Feuchtigkeit des Barfüßerbachs unter dem Chor beeinträchtigten Ausstattung sind allein die 1983 auf ein Geschoss reduzierten Emporen der Kirche erhalten. Von der 1803 durch den Hoforgelmacher Philipp Heinrich Bürgy aus Homburg erbauten Orgel ist nur der siebenachsige Prospekt mit zentralem Mittelturm erhalten; das Werk von 24 Registern wurde 1930 durch einen Neubau von Walcker/Ludwigsburg mit 16 Registern und dieser wiederum 1989 durch ein neues Werk von Jürgen Ahrend/Leer-Loga mit 22 Registern auf Hauptwerk, Brustwerk und Pedal ersetzt. Die Glocke im Dachreiter schuf 1768 Johann Peter Bach in Windecken. Vom der nach Süden angeschlossenen ehemaligen Sakristei des Klosters sind zwei gedrückt wirkende Joche erhalten, von einem breiten Gurt zu nach 1929 westlich angebautem weiteren getrennt. Die Kreuzgratgewölbe liegen auf einfachen Konsolen auf. 1988/89 wurde der Raum für die kirchenmusikalische Arbeit ausgebaut. Noch 1929 waren die drei vermutlich barockzeitlichen Kreuzgangflügel sowie der an die ehemalige Sakristei nach Süden angeschlossene Ostflügel des Klosters (möglicherweise mit mittelalterlichem Kern) erhalten. Die Klostergebäude wurden sukzessive vor 1918, 1939 und nach 1945 abgebrochen, dabei sind auch die von jedermann geschätzten Glasfenster in den Bogen des Kreuzganges entfernt worden. Nebengebäude wie das Backhaus (in der Franzosenzeit Bäckerei im Kloster mit mehreren Backöfen) und das mit Krankenstube darüber 1742 erneuerte Brauhaus fehlen ebenso wie der 1352 erwähnte Klostergarten; nur die Gebäude am > Ludwig-Erk-Platz sind erhalten. Das Gefängnis des 19. Jahrhunderts im Kloster umfasste zwölf ehemalige Mönchszellen und eine Wohnung für Aufseher.