Die Butzbacher Markuskirche ist dem Typus nach als spätgotische Hallenkirche anzusprechen. Der summarische Begriff läßt außer acht, daß das im 15. und 16. Jahrhundert als Stiftskirche fungierende Gotteshaus ein Konglomerat von Bauteilen unterschiedlichster Entstehungszeiten ist. Sie vereinigen sich im heutigen Erscheinungsbild zu einem malerischen Gesamteindruck.

Die Hallenkirche entstand als Überformung einer bereits bestehenden dreischiffigen, flachgedeckten Basilika des frühen 13. Jahrhunderts. Von ihr sind noch die quadratischen Mittelschiffpfeiler mit abgerundeten Ecken in situ erhalten. Die Konsolsteine der ursprünglichen Deckenbalken sind im Äußeren der Kirche vermauert. Ein erster Schritt in Richtung auf die heutige Baugestalt wurde noch im 14. Jahrhundert unternommen, als ein neuer zweijochiger Chor mit 5/8-Schluß entstand. Er erhielt ein Kreuzrippengewölbe auf Diensten und Konsolen, vermutlich zu seiner Entstehungszeit wurde das Mittelschiff mit einem entsprechenden Gewölbe ausgestattet; im 15. Jahrhundert folgte die Erweiterung und Erhöhung der Seitenschiffe sowie deren Einwölbung. Die Schiffe der entstandenen Halle waren gleich breit, differierten aber etwas in der Höhe. Das südliche Seitenschiff erhielt eine Folge von Quergiebeln im Sinne einer Schaufassade. Der schon angesprochene malerische Charakter wurde auf der Südseite durch einen jüngeren kapellenartigen Anbau hervorgerufen. Die Quergiebel des nördlichen Seitenschiffes sind eine spätere Angleichung an die Verhältnisse im Süden der Kirche.

1468-1550 war die Markuskirche Stiftskirche der zu dieser Zeit in Butzbach ansässigen „Bruderschaft des gemeinsamen Lebens". In dieser Zeit wurden zwei Nebenchöre ergänzt, der südliche kurz nach der Gründung des Stifts, der nördliche erst nach 1500. Sie paßten sich den vorgegebenen Abmessungen der Seitenschiffe und des Hauptchores an. Alle drei Chöre waren im Innern hallenartig verbunden. Nach außen zeichnen sie sich jeweils als eigene Baukörper ab. Zumal der südliche Nebenchor führt durch seinen besonders hohen Dachreiter nahezu ein Eigenleben in der Art einer kleineren Kapelle. Noch nicht zur Sprache kam der achteckige Westturm des 14. Jahrhunderts. Abweichend vom üblichen Standort vor dem Mittelschiff ist er in einen Rücksprung des nördlichen Seitenschiffs eingebunden, sein barocker Helm stammt von 1606.

Die bedeutsamsten Teile der Kirchenausstattung verbinden sich mit den Adelsgeschlechtern, die in Butzbach die Stadtherrschaft ausübten. Zwei Epithaphe des 15. Jahrhunderts zeigen den 1410 verstorbenen Grafen Philipp VII. von Falkenstein sowie Werner von Eppstein, gestorben 1462. Noch zu seinen Lebzeiten ließ Landgraf Philipp III. von Hessen-Butzbach unter dem südlichen Nebenchor 1620-22 eine Gruft anlegen. 1609-1643 residierte der Landgraf in Butzbach und stand einer Nebenlinie des Hauses Hessen-Darmstadt vor, die mit seinem Tod aber wieder erlosch. Die Gruft mit den vier Sarkophagen Philipps, seiner beiden Gemahlinnen sowie dem des Prinzen Heinrich von Hessen ist ein quadratischer Raum mit Kreuzgewölbe. Er ist von Westen über eine einläufige Steintreppe zu erreichen, von Osten kann durch zwei Schächte natürliches Licht einfallen. Die Schildbögen sowie die Gewölbekappen sind mit Stuckreliefs versehen. Sie wurden von dem in Frankfurt ansässigen Christian Steffan geschaffen und stellen Themen des Alten und Neuen Testaments dar. Im Chor der Kirche wird die Gruft durch ein darübergelegenes Grabdenkmal kenntlich gemacht. Ein steinerner Sarkophag wird von einem Baldachin überfangen. Quasi als Rückwand des Epitaphes diente ein Ölgemälde, das Philipp III. zusammen mit seinen beiden Frauen vor einem Kruzifix zeigt. Die reiche steinerne Fassung des Bildwerkes ist eine Arbeit des Bildhauers Philipp Franck aus Gießen. Im Kircheninnern wie auch in den Außenwänden vermauert sind weitere Epitaphe aus dem 16.-18. Jahrhundert anzutreffen, die im einzelnen aber nicht benannt werden. Wieder aus der Regentschaftszeit des Butzbacher Landgrafen Philipp III. stammt die Orgel der Butzbacher Pfarrkirche von 1614 sowie die Kanzel von 1617, beides herrschaftliche Stiftungen. Der ursprüngliche Standort der Orgel war der Hauptchor, 1904 wurde sie in den Westen des Mittelschiffes verlegt.

Der umgebende Kirchhof wurde bis 1611 für Bestattungen genutzt, als östlich vor der Stadt ein neuer Friedhof angelegt wurde. Soweit der alte Kirchhof überhaupt baulich gefaßt ist, wird er von einer brusthohen Mauer umgeben. Von seinem Baumbestand ist die 1841 vor dem südlichen Seitenschiff gepflanzte Prinz-Heinrich-Linde besonders hervorzuheben. Zusammen mit der benachbarten Michaelskapelle, dem „Mehlwiegehäuschen", dem „Kugelherrenhaus", dem Pfarrhaus von 1853/54 sowie der östlichen Kirchenplatzbebauung bildet die Markuskirche das neben dem Marktplatz zweite herausragende Bauensemble Butzbachs.