Das Dorf Frohnhausen wird im Jahre 1108 zum ersten Mal als Besitz der Erzbischöfe von Mainz erwähnt, es entstand aber vermutlich spätestens im 10. Jahrhundert. Zusammen mit Ober-Asphe hatte Mainz das Dorf von den Herren von Klingenberg aus dem Stift Aschaffenburg erworben. Die Initiative zum Bau der Kirche im 12. Jahrhundert wird den Nonnen des Klosters Disibodenberg an der Nahe zugeschrieben; in Frohnhausen selbst hat ein Benediktinerinnenkloster aber nie bestanden. 1238 gehörte es zur Cent Asphe, die in landgräflicher Hand war und erst später vom Stift Wetter dem Amt Battenberg zugeschlagen wurde. Das Gericht war an die Herren von Diedenhausen verlehnt, später an die von Hohenfels, die von Viermünden und zuletzt an die 1717 ausgestorbenen von Dersch. Bis zur Reformation gehörte die Kirche zum Gerichtssitz Kesterburg. Das Patronat lag bei der Familie von Dersch.

Nach starken Beschädigungen während des 30-jährigen Krieges erfolgte die Umgestaltung zur Predigtkirche durch den Abbruch des Südseitenschiffes, des Langhaus-Westteils und vielleicht eines Turms sowie kurz nach 1700 den Einbau eines leichten Holzgewölbes im Mittelschiff. Renovierungen 1964 (Sakristeidurchbruch, Entfernung von Emporen) und 1976 bis 1980 (Ausmalung Innenraum), jüngst Erneuerung des Außenputzes.

Der nur noch teilweise ummauerte Kirchhof liegt tief und auffällig am Südrand des Dorfes. Er dürfte ursprünglich befestigt gewesen sein.

Ursprünglich dreischiffige, gewölbte Bruchsteinbasilika im gebundenen System, an deren Mittelschiff sich ohne Querhaus ein Chorquadrat anschließt. Der Bau ist im Wesentlichen erhalten, nur das Südseitenschiff wurde abgebrochen, die vermauerten Arkadenbögen sind im Innenraum sichtbar. Im Nordseitenschiff ein teils sehr unregelmäßiges Tonnengewölbe mit Stichkappen, das an der Außenwand in Kastenvorlagen ausläuft. Im Hauptschiff ruht das frühere Kreuzgratgewölbe auf breiten, an den Pfeilern herunter gezogenen Wandschilden, die Gurtbögen auf Kastenvorlagen (vgl. Bromskirchen); jetzt ein verputztes Holzgewölbe. Kämpfer fehlen sowohl an den Arkaden wie auch an den Vorlagen im Hauptschiff. Das Bruchsteingewölbe des etwas eingezogenen und niedrigeren Chores liegt an der Westseite auf in den Ecken eingestellten, quadratischen Vorlagen auf, die auf etwa halber Höhe abgekragt sind. Die romanischen Rundbogenfenster sind in Schiff und Chor hoch unter die Wandschilde gesetzt. Die ehemalige Sakristei ("Gerberkammer") an der Chornordseite ist vermutlich im Kern gotisch; Ausguss einer Piscina außen in der Ostwand.

Die nachreformatorischen wurde möglicherweise ein Westturm abgebrochen und das westliche Schiffsjoch verkürzt, um einen Unterbau für den quadratischen, verschieferten Dachreiter mit achteckiger Spitzhaube zu schaffen. Zwei übereinander liegende Fenster sowie ein rechteckiger, vermauerter Türdurchbruch in der Südwand des Ostjoches deuten auf eine hier vorhandene Empore mit Zugang vermutlich über eine Treppe von außen, die erst nach Abbruch des Seitenschiffes angelegt worden sein kann. Die frühere Sakristei zum Chor wurde in großem, zum Seitenschiff hin in schmalerem Rundbogen geöffnet; Flachdecke. Das Südfenster des Chores wurde mit einer Innenteilung vergrößert. Überwiegend in Grauwerten gehaltene Raumfassung in schweren Formen des Barocks vom „Frohnhäuser Meister" um 1730. Dazu gehören Gurt- und Triumphbogen samt Vorlagen mit räumlich-plastischer Diamantquadermalerei in teils skurrilen Formen; Gratbänder im Chor, die ein gelbes Sonnensymbol als gemalten Schlussstein einfassen; Rippen imitierende Bänder im Mittelschiffgewölbe; die Fenster rahmende, ornamentale Rankenmalereien und einfaches Bandelwerk; Engel über dem vermauerten Portal in der Südwand; gemalte Weihekreuze an der Chorsüdwand. Die übrigen Trageglieder sind mit Quadermalerei versehen.

Im Dachreiter befindet sich eine Glocke mit Kreuzigungsrelief und deutscher Inschrift, 14. Jahrhundert. Pfeilerähnlicher Taufstein mit Basis und achteckigem, ins Quadrat überführendem Schaft, das Becken mit ausladendem Profil, bezeichnet "MVXII" (1512), wohl im 17. Jahrhundert aus einem Weihwasserbecken entstanden. Schwerer, verzimmerter Unterbau für die Westempore und den Dachreiter. Polygonaler Kanzelkorb mit feinen, gedrehten Ecksäulen, unter den Füllungen der Wände paarweise gekuppelte Rundbögen, 17. Jahrhundert. Das Altarfenster von Erhard Jakobus Klonck mit Steinigung des Stephanus aus den 1950er Jahren. Orgel von 1966. Auf dem Kirchhof südöstlich der Kirche zahlreiche Grabsteine aus Holz und Eisen, überwiegend aus dem 19. Jahrhundert.

Als Kulturdenkmal nach § 2 Absatz 1 Hessisches Denkmalschutzgesetz aus geschichtlichen, künstlerischen und städtebaulichen Gründen in das Denkmalverzeichnis des Landes Hessen eingetragen.